Çevresel DNA Tabanlı Yaklaşımlarla Biyoçeşitlilik Çalışmaları

Sahada çok küçük por açıklıklarına sahip filtreler (Sterivex tipi silindir veya disk şeklinde -steril-) kullanarak suyu filtreliyoruz (ilgili bölgeyi temsilen 3 replika ve negatif örnek). Su kütlesine dair fiziksel veriyi (pH, sıcaklık, çözünmüş oksijen, tuzluluk,…) elde etmek için deniz biyolojisi çalışmalarında sıklılkla kullanılan çeşitli ölçüm cihazları kullanıyoruz. Bu süreç (örnekleme, sefer) biz bilim insanları için yaya olarak gerçekleşebileceği gibi söz gelimi bir araştırma gemisinde daha büyük bir takımın (gemi personeli ve diğer bilim insanlarıyla) koordine çalışmasıyla da gerçekleşebilir. Kimi zaman suyun sadece 1 metre altından el probu multiparametre yardımıyla kimi zaman araştırma gemimizde 2000 metreye kadar vinç operatörü yardımıyla Rozet sistemini gönderip gerçek zamanlı fizikel veri elde edebildiğimiz çalışmalar sürdürüyor, araştırmacı olarak görev alıyoruz. Çalışmalar öncesinde çalışacağımız alanlar ile ilgili devletin ilgili kurumlarından o alanda ne kadar süre ile hangi araştırmacılar olarak çalışacağımızla ilgili izin belgeleri alıyor çalışmamızın gidişat sürecinde bu birimlerle iletişim hâlinde kalarak ilgili güncellemeleri raporlar hâlinde kendileri ile paylaşıyoruz.

DNA tabanlı teknikler kullanarak biyoçeşitlilik kompozisyon belirlenimlerinde bulunuyoruz.


Örnekleme saha çalışmalarını laboratuvar çalışmaları takip ediyor. Aldığımız örneklerin (3 Replika ve 1 negatif) DNA izolasyonlarını yaparak PCR tekniği ile ilgili bu canlı gruplarına dair barkodlama çalışmalarında kullanılan gen bölgeleri üzerinden çoğaltarak ilgili su kütlelerindeki canlı çeşitliliğine dair biyoçeşitlilik kompozisyon belirlenimlerinde bulunuyoruz. Bu işlemler sırasında gerek kendi üniversitemizin ilgili bölümleriyle gerekse farklı üniversitelerden ilgili araştırma laboratuvarları ile iletişim, işbirliği içerisinde bulunarak çalışmalarımıza farklı perspektiflerden bakabilme ve geliştirme olanakları sağlayıp tekrar terkar iş akış süreç modelimizi kontrolden geçiriyor zaman, maliyet ve bilimsel geçerlilik üçgeninde uygulanabilirlik ve tekrar edilebilirliğe dair verimi artırmanın yollarını tartışıyor, uygulamaya çalışıyoruz. Tüm bu süreçler sırasında matematik, istatistik ve programlama uygulamalarına dair beceri ve pratiğimizi artırmaya yönelik uygulamaları çalışmalarımızda ürettiğimiz verilere uygulamaya çalışarak kendi anlamaya çalışma sürecimizi canlı tutmaya çalışıyoruz. Yine tüm bu becerileri kazanmada etrafımızda benzer teknik ve becerileri doktora, doktora sonrası araştırmaları sırasında uygulamış/kazanmış bilim insanlarının açık erişim olarak ilgimize sunduğu kaynaklarla ya da kendileriyle birebir çalışma fırsatları yakalamaya çalışarak sürdürmeye çalışıyoruz.